Студијски програм докторских академских студија садрже обавезне и изборне предмете у укупном обиму од 180 ЕСПБ бодова и дефинисан је Правилником о докторским студијама.
Докторске студије Мехатроника трају три године (шест семестара) и представљају наставак мастер студија (вреде 180 ЕСПБ). Након завршетка докторских студија студент стиче звање доктор наука мехатронике.
Сврха студијског програма Пословни информациони системи је образовање економиста у области пословне информатике, у складу са потребама привреде, односно друштва.
Сврха студијског програма је образовање студената за професију Дипломирани економиста – мастер, трговина у складу са потребама друштва.
Медицински факултет у Нишу уписује студенте на докторске студије и Област Стоматолошких наука.